Η εγγραφή στο Γ.Ε.ΜΗ. ολοκληρώνεται με την καταχώριση των στοιχείων των υπόχρεων στο Εθνικό Μητρώο Επωνυμιών και Διακριτικών Τίτλων, στη μερίδα, στον φάκελο και την απόδοση Κωδικού Αριθμού Καταχώρισης (Κ.Α.Κ.).
Με την εγγραφή του υπόχρεου στο Γ.Ε.ΜΗ., το πληροφοριακό σύστημα του Γ.Ε.ΜΗ. χορηγεί αυτομάτως σε αυτόν αριθμό Γ.Ε.ΜΗ. Ο αριθμός Γ.Ε.ΜΗ. είναι μοναδικός για κάθε υπόχρεο και παραμένει ο ίδιος και μετά τον μετασχηματισμό ή τη διαγραφή, την αναβίωση ή την επανεγγραφή του υπόχρεου στο Γ.Ε.ΜΗ.
Ο αριθμός Γ.Ε.ΜΗ. περιλαμβάνει 12 αριθμούς από τους οποίους οι επτά πρώτοι αντιστοιχούν στον μοναδικό αύξοντα αριθμό, τα επόμενα δύο ψηφία αποτελούν τον κωδικό της αρμόδιας Υ.Γ.Ε.ΜΗ. και οι υπόλοιποι αριθμοί αφορούν στον αριθμό των υποκαταστημάτων του υπόχρεου.
Ο αριθμός Γ.Ε.ΜΗ. αναγράφεται υποχρεωτικά: α) σε κάθε έγγραφο που υποβάλλεται προς καταχώριση στο Γ.Ε.ΜΗ., β) σε κάθε έγγραφο που εκδίδουν οι Υ.Γ.Ε.ΜΗ., γ) σε κάθε έγγραφο που αφορά στον υπόχρεο και φέρει την επωνυμία του, δ) στους διαδικτυακούς τόπους του υπόχρεου, ε) στα ηλεκτρονικά καταστήματα του υπόχρεου.
Οι επιστολές και τα έγγραφα παραγγελίας, ανεξάρτητα από τη μορφή τους, οι διαδικτυακοί τόποι και τα ηλεκτρονικά καταστήματα των υπόχρεων αναφέρουν υποχρεωτικά σε εμφανές σημείο τη νομική τους μορφή, τον τόπο της έδρας και το γεγονός ότι βρίσκονται σε κατάσταση εκκαθάρισης, όταν αυτό ισχύει.
Αν στα έγγραφα γίνεται μνεία του κεφαλαίου της εταιρείας, η ένδειξη αφορά στο καλυφθέν και το καταβεβλημένο κεφάλαιο.
Με την εγγραφή του υπόχρεου στο Γ.Ε.ΜΗ., το πληροφοριακό σύστημα του Γ.Ε.ΜΗ. χορηγεί αυτομάτως σε αυτόν ευρωπαϊκό μοναδικό ταυτοποιητή (EUID).Ο μοναδικός ταυτοποιητής περιλαμβάνει, τουλάχιστον, στοιχεία που επιτρέπουν την ταυτοποίηση του κράτους μέλους του μητρώου, του εθνικού μητρώου καταγωγής και του αριθμού της εταιρείας σε αυτό το μητρώο και, κατά περίπτωση, χαρακτηριστικά για να αποφεύγονται σφάλματα ταυτοποίησης.